制药厂所排出的污染物多属于结构复杂、有毒、有害和生物难以降解的有机物质，对水体造成严重的污染。还呈明显的酸、碱性，部分污水中含有过高的盐分，属于较为难处理的一种污水。
混凝法处理制药废水是目前国内外普遍采用的一种水质处理方法，它被广泛用于制药废水预处理及后处理过程中。
制药废水絮凝剂的选择时，无机高分子絮凝剂优于无机低分子盐类絮凝剂。在无机高分子絮凝剂中。聚合硫酸铁与聚合氯化铝比较，聚合硫酸铁的COD去除率更高，沉降速度更快；但因聚合硫酸铝本身造色，其色度去除率不如聚合氯化铝PAC。 制药厂用聚合氯化铝，主要用途是来处理制药水中的杂质和污染物。聚合氯化铝和聚合硫酸铁与有机高分子絮凝剂配合能改善絮凝效果。在处理制药厂废水时，应先投加无机絮凝剂，再投加有机高分子絮凝剂。
另外，制药废水的水质特点使得多数制药废水单独采用生化法处理根本无法达标，所以在生化处理前必须进行必要的预处理。根据制药废水的水质特点，在其处理过程中需要采用物化处理作为生化处理的预处理或后处理工序。
