生物制药工业是污染大户，其排出废水中不仅有机污染物浓度高，而且含有抑制微生物生长 的各种因素，采用通用的废水处理技术就可以取得良好的处理效果。生物制药工业是以粮食为 原料，发酵培养特定药用微生物，发酵液经过压滤后滤液可用化学手段提取。在制药过程中主 要有两类废水：发酵废水和提取废水。发酵废水中混有发酵残渣和微生物菌等，悬浮物含量 高，对某些微生物有较强的抑制作用。加入混凝剂可使悬浮物沉淀下来，清液对微生物的抑制 性明显降低。提取废水是滤清液用化学方法提出药物成分后的废水。
处理制药废水过程中要用到聚合氯化铝、聚丙烯酰胺等净水剂的情况一般如果是生化污泥处理的话一般选择工业级聚合氯化铝和离子度较高净水剂产品，如果有机浓度很高的情况下，甚至选择工业级聚合氯化铝配合离子度60以上酰胺来使用的效果好。如果是电解处 理或者是前段气浮处理情况的话。要根据污水的水质，关键的技术指标是看PH值大小来判断絮凝剂的选择情况，一般原则的PH小于7的话常选用非离子净水剂做助凝剂或者是污泥浓缩沉淀剂。如果是PH是7以上，常用的是阴离子净水剂来搭配工业级聚合氯化铝来使用。
